阴阳学说的基本内容为阴阳的对立制约、互根互用、交感互藏、消长转化、自和平衡等，研究的是事物的对立统一关系，与矛盾范畴有相同之处。但矛盾范畴对于各对立面的性质除了指出它们具有对立统一的关系外，不加任何其他限定，其抽象程度最高。对立统一是宇宙中最普遍的现象，因此，矛盾范畴适用于一切领域，是各种事物相互关系的最抽象最一般的概括。阴阳范畴除具有对立统一的属性外，还具有另外一些特殊的质的规定，即前述以水火为征兆的属性规定，故在无限的宇宙中，阴阳范畴仍只是一种有限的具体的矛盾形式，一般在自然界中，若研究的事物超出了直观所能达到的界限，阴阳范畴就可能会失去效力；至于社会生活中的许多复杂矛盾，就更难以用阴阳来概括了。因为阴阳范畴要求所研究的事物不仅要具有对立统一的关系，而且对立双方还必须符合阴阳属性的规定。也正由于如此，阴阳和矛盾的区别也表现为取象思维和概念思维的不同。
其次，现代矛盾范畴纯粹是一种关系范畴，而阴阳由于与气的结合，尚带有实体范畴的痕迹。因此，矛盾作为哲学范畴，对各门科学的研究有一定的指导作用，但它并不直接介入于具体自然科学之中。阴阳范畴除对于一些直观自然现象研究有指导价值外，并直接介入于中医学之中，成为中医理论的有机构成部分。中医阴阳学说将阴阳与脏腑、六气、经络等统一起来，并进一步把阴分为太阴、少阴、厥阴，把阳分为太阳、阳明、少阳等六个层次，同时探讨了它们的特殊含义及其相互关系，建立了三阴三阳开、阖、枢理论以及六经辨证论治体系等。由此可见，阴阳是介于矛盾范畴与具体科学之间的概念，它一方面体现了矛盾运动的一般法则，另一方面又与医学更加紧密地结合在一起，可以作为中医学的方法论，传达和体现对立统一规律对中医学的指导作用，并成为中医学不可分割的组成部分。
再次，矛盾对立统一规律认为，矛盾的斗争是无条件的，永恒的，绝对的，调和矛盾只有在特殊情况下才能进行，并且不是从根本上解决矛盾的途径。阴阳学说虽然也承认阴阳之间的对立和斗争，但更重视、强调二者的调和、中和、和谐，即统一。如《淮南子·汜论训》说：“天地之气，莫大于和。和者，阴阳调，日夜分，而生物……生之与成，必得和之精。”认为阴阳和而万物生，“和”是宇宙万物产生的根本法则。成中英在《论中西哲学精神》中将其概括为“和谐化辩证法”和“冲突辩证法”的关系。
另外，在阐述事物的对立关系时，阴阳学说缺乏矛盾法则的明晰性、系统性和逻辑的缜密性。例如阴阳学说虽然认识到对立事物之间的相互排斥、相互依存、相互转化的矛盾关系，却没有概括出这些矛盾的“同一性”和“斗争性”等具有严格规定的哲学概念。阴阳学说虽然认识到对立事物之间的相互转化，却不能从螺旋式上升和向前发展方面明晰地提示事物的发展，而往往停留在原地或从循环的方面去阐述。
正是由于上述的这些特殊内容，阴阳学说一方面把矛盾运动的一般法则运用于医学，另一方面将其特殊内容与医学紧密地结合在一起，所以在研究阴阳学说时，既要注意它的哲学一般性，又要关注它在医学领域中的特殊性。
