百余年来，中医学面对西学东渐的严峻形势，历经千难万险，在西医和现代科技，特别是西方科学观念的强大压力下，几次濒危却没有覆没，到20世纪末叶反而发出耀眼的生命之光，被越来越多的国家和地区的人们所喜爱。这一历史的变迁无疑应当引起我们的深思。
存在的复杂性与科学的多元性
一提起科学，人们可能立即想起古希腊，然后是意大利文艺复兴，再后是近现代物理学的惊人发展。近代物理学，从17世纪伽利略的落体定律到20世纪的量子场论、广义相对论，直至计算物理学的兴起，的确成就辉煌，而且带动了一系列现代科学技术不断向高处攀升。
然而不幸的是，在人类认识史上，若某种学理或主义取得了大成就，其意义和应用范围就会被夸大。这是人类意识的通病。在这个“通病”的推动下，西方物理学及其方法被一些人奉若神明，尊为衡量一切科学的标准。凡是与西方近代物理学发生冲突的概念，凡是用物理学无法解释的现象，一概斥之为伪科学和虚幻。封闭的实验方法、数学方法、逻辑方法作为近代物理学的主要方法，谁不采用或暂时没有采用，谁就被排除于科学的理念之外。
许多人正是自觉或不自觉地以上述观点来看待中医学，来对中西医加以比较。人们不会忘记，1929年，民国政府由于盲目崇信西洋科学，曾明令取缔和废止中医。20世纪50年代以后，毛泽东提倡“中西医结合”，中医药被提到“宝库”的地位。但认为中医“有技术无科学”“有经验无理论”的阴影始终笼罩在天空。毛泽东主张：科学原理“世界各国都是相同的。”“我们要西医学中医。”“要以西方的近代科学来研究中国的传统医学的规律，发展中国的新医学。”“如果先学了西医，先学了解剖学、药物学等等，再来研究中医、中药，是可以快一点把中国的东西搞好的。马克思讲过，首先研究近代社会，就容易理解古代社会。这是倒行的，却要快些。”在这一思想指导下，以西方近现代科学（包括西医学）为准绳研究、判定和同化中医中药，就成为半个多世纪以来“中西医结合”所走过的道路。
“中西医结合”背后的尖锐矛盾
“中西医结合”的途径概括起来说就是，临床治疗采取西医诊断，中药配方，或西法（药）中法（药）并用；对中药进行化学分析，然后提取“有效成分”，进行西制；寻找中医之“证”与西医之“病”的对应关系，等等。至于中医学的一套理论，由于根本不能与西方生物医学相融，因而继续被一些人拒之于科学的大门之外。所以“结合”的结果主要是扩大了西医的药源，而中医学则仍然没有彻底摆脱一百年前“废医存药”的命运。
事实上，中医学使我们遇到一个尖锐的矛盾：一方面，中医学不仅能够解决大量临床问题，包括当前人类面临的许多新的疾病，而且有辨证论治的系统理论。正是在这套理论的指导下，中医展开临床治疗并取得疗效。另一方面，用现代物理学、化学和生物医学的概念却难于理解中医理论和中医疗效。那么，我们是应当固守既有的科学观念否定中医的科学地位呢，还是应当尊重事实，重新审视既有的科学观念呢？窃以为应是后者而不是前者。
存在的本质是实体还是关系
宇宙在时空上是无限的。即使在有限的时空范围内，其存在的形态即存在的运动形式，在层面性、多样性、可能性上也是无限的。而事物究竟显示什么样的性质，取决于它自身内部及与周围环境保持何种关系。关系乃是一切性质和事物存在的基础。是关系决定事物如何形成，如何存在，不是“实体”决定事物如何构成，如何变化，因为一切有形事物，都以关系为其缘起和存在形式。就是说，有什么样的关系，就会有什么样的事物；正是关系的多样性和变动性，决定了事物的多样性和变动性，而关系的形成又具有无限多的可能性。
西方自古希腊至近代，起主要作用的是实体本体论。亚里士多德首先提出“实体”概念，认为实体是独立自存的，它不依赖于任何其他存在，而其他一切存在却依赖于它而存在。实体自身永远保持不变，但它是一切事物生成变化的基础，一切属性的承担者。
17~18世纪，经典力学取得了巨大成功，于是机械论的物质实体概念大为盛行。笛卡儿、洛克、霍布斯等人认为，具有广延的“形体”是独立实体。笛卡儿强调物质的唯一基本特征是广延，广延实体即物质实体。洛克将物体的性质分为第一性的质和第二性的质。第一性的质包括结实、广延、动力、质量、形状等；第二性的质是指使他物发生变化的能力，以及在人体感官上产生颜色、声音、嗅味、冷热、软硬等感觉的能力。第二性的质为第一性的质所派生。洛克等认为，关于第一性的质的感觉反映物体本身的性质，而对第二性的质的感觉则与物体本身的性质完全不相似，因为它们受了感觉主体的影响，不属于客体本身。
随着力学的发展和原子论的复兴，“物质”概念被定义为“第一性的质”的承担者。视物质实体为第一性的质与其承担者即原子的总和。普遍认为，物质实体是一切存在物体的本质。广延、质量、形状、动量等第一性的质是物体自身固有的属性。
19世纪自然科学有许多新的突破，机械论的物质实体概念受到冲击。认为物质实体具有某种固定形态或结构的观点被科学事实所摧毁，但是物质实体是世界万物多样性统一的基础和一切属性承担者的观念，直到今天仍然牢固地存在；尤其在众多自然科学工作者中间，更是广泛地起着主导作用。
然而20世纪中期以后，一些西方科学和哲学家开始从实体本体论向关系本体论转移。相对论和量子力学表明：长度、形状、位置、动量、时间间隔等所谓第一性的质，其实和第二性的质一样，也不为物质所“固有”，同样依赖于主体所具有的“认识条件”。参照系或测量仪器不同，则客体会显示不同的性质。第一性的质原来也具有相对相关性，也是关系的表现，受关系制约。就是说，主体和客体建立什么样的耦合关系，就会得出什么样的相应的认识结果。于是，第一性的质和第二性的质的界限被打破了。而作为关系质，它们又都是真实的、可靠的。可见，那种固定不变、独立自存而又成为一切属性承担者的“实体”，并不存在。
为什么科学会有差异性
任何事物既然都是一种关系存在，那么它向人呈现出的性质与状态，自然也由作为认识主体的人与其建立的关系来决定。应当清醒地看到，正是在这种具体的主客关系的基础上，产生出相应的认识方法和认识结果。
由于现实世界具有无限的多样性、复杂性和可能性，认识对象究竟提供给人什么样的信息，或者说，人究竟能从认识对象那里获取何种信息，与认识主体的选择，即所应用的概念体系、参照系统和认识方法有密切关系，由此也就规定了所产生的知识体系会有何种形态。
基于以上认识，笔者认为存在的复杂性至少要从以下两个方面来理解：一是存在的运动有不同的形式，属于不同领域，具有不等的复杂程度和不同特点，不能混淆，不能相互替代；二是同一存在的运动领域，或同一运动形式，也有无限多的层面，因而对其认识也是无限的。
对于第一个方面，早在一百多年前，恩格斯就已给了极为明晰而深刻的回答。（见《自然辩证法》“物质的运动形态”）依恩格斯，物质运动因所含关系不同而分为机械运动、物理运动、化学运动、生物运动、人类社会运动等五大类。从前至后依序一类比一类高级。高级运动形态是由低级运动形态演进而来，高级运动形态包含低级运动形态，但不能归结为即还原为低级运动形态。就是说，各类不同的关系形成了不同的运动形态，其特殊性不容抹杀。
尽管高级的运动形态同时还产生其他的运动形态：化学作用没有温度变化和电的变化是不可能的，有机的生命没有机械的、分子的、化学的、热的、电的等变化是不可能的，但是，这些副次形态的存在，并不能把所考察的每一个情况下的主要形态的本质包括无遗。因为高级运动形态所包含的关系，比其所产生的副次运动形态的关系更为复杂。例如，终有一天我们一定可以用实验的方法，把思维与大脑中的化学运动和各种粒子的变化一一对应起来，然而这仍然不能把思维的本质揭示完全。
由此表明，在高级的运动形态中，必定包括低级的运动形态作为基础组成部分。但是高级运动形态还有自身独具的特殊内容，为低级运动形态所不具备，所不能企及。
因此，对不同的运动形态，在认识方法上，有共同性，也必须有差异性、特殊性。还原论是不能说明高级运动形态的全部本质的，尤其是标示高级运动形态所在等级的特殊本质，还原论则给放弃了。以这样的认识来审视那种处处事事唯物理学的概念与方法是从的做法，实际是否认了物质运动形式的多样性、复杂性，尤其否认了生命现象更为高级的特殊内容，是以某一特殊领域里的特殊认识活动替代或限制所有的认识活动。
对于第二个方面，人们似乎还比较生疏。但从理论上分析并不难理解。正如前面所述，既要承认同一认识领域（对象）在层面性和可能性上是无限的，同时也要承认，认识主体的不同选择会产生不同的认识方法和认识结果。
由此应当得出结论：科学，包括基础自然科学，可能出现不同的流派，不同的风格，不同的认识取向。即使在同一学科内，也会形成不同的认知方法和不同的知识体系。如果认为，对同一领域（对象）只能产生一种形态的科学知识体系，那实际上是否认了事物存在层面的多样性和认识取向的多种可能性。这与世界具有无限性和复杂性的观点相悖。中医西医同以人的生命为研究和调控对象，却形成了迥然相异的两套人体模型和诊疗方式，这一无可辩驳的事实就证明了这一点。
由此可见，归根结底，科学知识体系的特征和相应的认识方法取决于认识对象属于哪一种运动形态，取决于主体与客体建立何种样的关系。这二者是相互交叉的。而运动形态的不同，即认识客体的特殊性，决定了科学学科的分类，如物理学、化学、生物学，等等；主客体耦合关系的多种可能，认识主体多样性的选择，则决定了科学与文化的多元，如中国文化与西方文化，中医学与西医学等，各为一元。
总之，主客
