中医药大学中没有985和世界一流大学，但有六所高校入选双一流世界一流学科建设高校，其中北京中医药大学是211工程全国重点大学。一流学科名单如下：
软科2020年中国大学排行榜
在软科2020年中国中医药大学排行榜中，排在前十的中医药大学是上海中医药大学（全国排第87位，入围全国百强高校），北京中医药大学（排全国第108），南京中医药大学（排全国第126），广州中医药大学（排全国第157），天津中医药大学（排全国第179），浙江中医药大学（排全国第192），成都中医药大学（排全国第236），辽宁中医药大学（排全国第237），黑龙江中医药大学（排全国第253），江西中医药大学（排全国第280）。
除了上述10所中医药大学，湖北中医药大学、湖南中医药大学、山东中医药大学、河南中医药大学、福建中医药大学排名也比较靠前，是中医药名校。
在校友会中国最厉害的十所中医药大学排行榜中，排在前十位的中医药大学分别是北京中医药大学，上海中医药大学，广州中医药大学，南京中医药大学，成都中医药大学，天津中医药大学，黑龙江中医药大学，浙江中医药大学，湖南中医药大学，福建中医药大学。
综合两个排行榜，毫无疑问，上海中医药大学和北京中医药大学是中国最厉害的两所中医药大学。
上海中医药大学，创办于1956年，教育部与上海共建高校，双一流世界一流学科建设高校，上海市重点建设的高水平大学。卓越计划，1111计划高校。学校有全日制学生8000余人，教职工1300人，其中两院院士3人，国医大师2人。学校拥有中医学、中药学和中西医结合一级学科博士点，有中医外科学、中药学、中医内科学和中医骨伤科学四个国家重点学科。
在教育部第四轮学科评估中，上海中医药大学的中医学、中药学和中西医结合三个学科均评为A+学科，A+学科实力全国第一位。
北京中医药大学，创建于1956年，1960年被确定为全国重点大学，1996年入选国家211工程重点大学。教育部直属大学，世界一流学科建设高校，985平台高校，卓越计划高校。学校现有在校生13758人，专任教师1478人，中国工程院士1人，国医大师6人。学校有3个一级学科博士点，2个国家一级重点学科。
